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今天给大家介绍一款功能强大的完全免费的图像处理软件——ImageJ。它是一款由 National Institutes of Health（NIH）开发的基于JAVA的图像处理软件，在科研中应用极为广泛。目前已经开发出了许多针对不同需求的插件，可以直接安装调用。
ImageJ在科研领域相当重要，2021年被Nature评为十大影响科学的代码。如果你在科研中会接触到图像，ImageJ这个软件应该是必备的科研工具。它功能强大、完全免费，可以跨平台运行，包括Windows、Mac OS和Linux等。
这个软件有两个版本即ImageJ和Fiji，Fiji其实就是ImageJ，这个名字其实就是：Fiji is just ImageJ的首字母。不同的是ImageJ比较轻便，安装包较小，打开较快，包含了绝大部分常用的图像处理命令，但是ImageJ中不包含插件，需要手动去安装。Fiji的安装包较大，打开速度较慢，但插件更丰富，可以通过Update Sites的方式在线安装和更新插件，安装和更新插件较为方便。大家可根据自身需求选择版本进行下载。
NO.1、ImageJ下载与安装ImageJ官方免费下载地址：https://imagej.net/ij/download.html
注意，官网提供了三个不同的安装包，分别适用于Mac OS X、Linux、Windows三个系统，大家根据需要点击Download后面蓝色字体下载安装包。
Fiji官方免费下载地址：https://imagej.net/software/fiji/downloads。
下载前请仔细阅读页面的软件对运行系统的要求以及安装要求。然后根据电脑操作系统选择对应安装包进行下载与安装。
准确来说ImageJ不需要安装，只需要将压缩文件解压到指定位置即可。双击其中的【exe】文件即可启动程序。
如果在使用过程中遇到了问题，可以在https://imagej.net/platforms/这里寻找答案。
点击相应电脑版本即可进行ImageJ软件的学习。
也可直接在Fiji下载界面点击以下链接进行学习。
注意事项：
1.安装前仔细查看软件对运行系统的要求，如果系统不匹配会造成软件无法正常运行。
2.官方不推荐安装在C盘下。
3.ImageJ的储存目录不能有中文命名的文件夹。
4.ImageJ需要Java环境，如果电脑Java版本太低可能会造成软件闪退。此时请更新Java版本。
5.如果解压后无法使用可尝试不解压，直接在压缩包里打开软件，或者换另一个版本使用。
常见问题请参考官方的解决方案：
https://imagej.net/learn/troubleshooting
https://imagej.nih.gov/ij/docs/install/windows.html#trouble
NO.2、ImageJ界面简介ImageJ和Fiji界面如下所示，分为菜单栏，工具栏和状态栏。
1.菜单栏： 包含多个菜单项，每个菜单项都有其特定的功能。
File：用于基本的文件操作，如打开、保存、创建新图片等；
Edit：主要用于编辑和绘制操作，以及全局设定；l
Image：用于图像显示和格式转换等操作；
Process：用于图像处理，包括点操作、过滤器和算术运算等；
Analyze：用于图像分析，如统计测量、直方图绘制等；
Plugins：用于创建、编辑和管理插件，列出了用户安装的所有宏、脚本和插件。用户可以通过插件扩展ImageJ的功能；
Window：用于已打开的窗口的选择和管理，如切换窗口、关闭窗口等；
Help：提供软件的升级、文档资源和版本信息等帮助内容。
2.工具栏：工具栏中有各种常用的命令，包含用于进行选择，绘图，缩放和滚动等的工具。此外，工具栏的右侧包含七个插槽，可以容纳ImageJ网站上提供的60多种工具和15多种工具集可以选择。
3.状态栏：
当光标在图像上方时，像素强度和坐标显示在状态栏中；
运行过滤器（filter）后，将显示经过的时间和处理速率（以像素/秒为单位）；
在状态栏上单击时，将显示ImageJ版本，Java版本，正在使用的内存，可用内存和已用内存百分比；
在创建Selections或调整其大小时，状态栏上会显示选择属性（例如，位置，宽度等）。
Image J具备多种图像处理和分析功能，支持图像栈（stack）功能，即可在一个窗口里以多线程的形式层叠多个图像，同时并行处理，在医学影像学诊断领域的应用非常广泛。
同时，Image J是一个开放结构的软件，通过使用宏和插件，用户可以自动执行任务并创建自定义工具来完成许多常规的图像处理和编辑任务。ImageJ打开以下文件格式：TIFF（默认格式）、JPEG、PNG、GIF、BMP、DICOM、PGM和FITS。借助插件可以打开其他格式。
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